Obóz powstał w grudniu 1938 r., jako obóz pracy będący filią obozu KL Sachsenchausen. Ulokowany został w wiosce Neuengamme mieszczącą się w południowo-wschodniej dzielnicy Hamburga (Hamburg-Vierlanden), w nieczynnej cegielni. Fabrykę tę wykupiło 3 września 1938 r. przedsiębiorstwo należące do SS Deutsche Erd-und Steinwerke GmbH. Pierwszych 100 więźniów przywieziono z KL Sachsenchausen 12 grudnia 1938 r. Mieli oni za zadanie uruchomić produkcję, ponieważ w Hamburgu nieustannie wzrastało zapotrzebowanie na materiały budowlane. Wybór miejsca na obóz, wiązał się również z korzystną lokalizacją (rzeka Łaba umożliwiała transport cegieł) oraz łatwością pozyskiwania materiału, ponieważ wraz fabryką zakupiono terenem o powierzchni 50 ha, z którego można było pozyskiwać glinę. Początkowo więźniowie mieszkali na strychu zakładu produkcyjnego (nad suszarnią). Warunki bytowe były trudne, gdyż np. nie było bieżącej wody, jednakże w porównaniu z kolejnymi okresami, znośne. Teren obozu otoczono drutem kolczastym, pilnowało go 40 wartowników przybyłych z KL Buchenwald. Następnie wybudowano baraki drewniane, w których więźniowie spali na ziemi wyściełanej słomą. W 1941 r. baraki wyposażono w trzypiętrowe prycze, szafki na ubrania, stoły i ławki. Mierzące 50 m długości i 8 m szerokości bloki, podzielone zostały administracyjnie na dwie części. Mieściły w tym czasie w sumie ok 300 - 400 osadzonych. W latach 1943-1944 wybudowano bloki ceglane, które mieściły od 500 do 700 więźniów. W miarę przyrostu liczby więźniów, sytuacja bytowa nieustannie się pogarszała. Kanalizacja oddana do użytku w 1941 r. od początku nie spełniała swojej roli, ponieważ była obliczona na mniejszą liczbę więźniów. Trzy miesiące po wybuchu wojny podjęto decyzję, o rozbudowie Neuengamme. Wizytujący w styczniu 1940 r. obóz H. Himmler, zdecydował również o utworzeniu w tym miejscu samodzielnego obozu koncentracyjnego. Podjęto rozmowy z władzami miasta dotyczącymi rozbudowy fabryki, budowy torów i kanału rzecznego łączącego nową cegielnię z rzeką Łabą a także regulacji jednego z dopływów rzeki Dove-Elbe. Zakończone zostały w kwietniu 1940 r. obustronnym porozumieniem. SS dostarczać miało bezpłatną siłę roboczą, zaś miasto pokryć finansowo całe przedsięwzięcie, które oszacowano na ok 1 mln RM. Władze obozowe Pierwszym komendantem obozu Neuengamme został mianowany w lutym 1940 r. SS-Sturmbahnfüher Walter Eisfeld. Niespodziewanie jednak zmarł on w czasie wizyty w KL Dachau. Na jego miejsce, 15 kwietnia, został wyznaczony SS-Hauptsturmführer Martin Weiss, który pełnił tę funkcję do sierpnia 1942 r. 1 września jego następcą został SS-Sturmbannführer Max Pauly pełniący tę funkcję aż do wyzwolenia obozu. Więźniowie Według najnowszych ustaleń przyjmuje się, że przez obóz KL Neuengamme przeszło w sumie ok. 106 tys. więźniów, z czego ponad 80 tys. stanowili mężczyźni, zaś 13 tys. kobiety. Istnieje ponadto liczba 5900 osób objętych oddzielną ewidencją, bądź niefigurujących w rejestrach administracji. Pochodzili oni z ponad 20 narodowości, większość jednak pochodziła z terenów okupowanych Europy Środkowej i Wschodniej. Do wybuchu wojny w obozie dominowali więźniowie narodowości niemieckiej i austriackiej. Do połowy 1941 r., największą liczbę stanowili Polacy. Szacuje się, że było ich ok 16.900 osób. Natomiast po napaści na Związek Radziecki, dominowali Rosjanie oraz Ukraińcy. Było ich ponad 34.350 osób. Żydzi stanowili ok 13 tys. uwięzionych. Praca Pierwsi więźniowie przybyli do obozu byli różnego rodzaju specjalistami budowlanymi, którzy pracowali przy uruchomieniu starej cegielni, oraz budowie nowej, dużo większej i wydajniejszej. Komanda robocze podzielone zostały na prace związane z pozyskiwaniem gliny, transportowaniem jej do fabryki, a następnie różnego typu pracami związanymi formowaniem, wypalaniem i suszeniem gotowych cegieł oraz dachówek. Od lutego 1940 r. prowadzono również zakrojone na szeroką skalę prace związane z budową nowego obozu, budynków mieszkalnych dla załogi wartowniczej oraz budynków administracyjnych. W sumie jego obszar wynosił nieco ponad 21 ha. Na potrzeby nowego lagru zaczęto przywozić więźniów z KL Sachsenchausen i KL Buchenwald. Wiosną rozpoczęto również prace związane z budową kanału i regulacji dopływu rzeki Łaby. Wraz z rozwojem wojny, w pobliżu obozu utworzono sieć podobozów oraz warsztatów produkcyjnych, w których zatrudniano więźniów. Poza cegielnią, więźniowie pracowali dla firm zbrojeniowych tj. Jastram, Messap, Metallwerke Neuengamme (Walther-Werke) a także w zakładach należących do SS Deutsche Ausrüstungswerke (DAW). Produkowano w nich m.in. łuski do pocisków, elementy wyposażenia łodzi podwodnych czy skrzynie na amunicje. Podobnie jak w innych obozach koncentracyjnych do 1942 r. więźniowie wykonywali często prace dodatkowe w dni wolne. Polegały one np. na przesypywaniu piasku z miejsca na miejsce. Sytuacja ta zmieniła się, gdy więźniowie masowo zaczęli pracować dla firm zewnętrznych.
Obóz KL Neuengamme